Giám mục Raphael Nguyễn Văn Diệp sinh ngày 20 tháng 10 năm 1926 tại xã Long Thới, huyện Chợ Lách, tỉnh Bến Tre thuộc họ đạo Cái Nhum. Từ thuở nhỏ, cậu bé Diệp đã có chí hướng đi tu, để thực hiện việc đó, cậu gia nhập Tiểu chủng viện Sài Gòn vào ngày 9 tháng 8 năm 1938, khi chưa tròn 12 tuổi. Tốt nghiệp Tiểu chủng viện, cậu được vào Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn ngày 13 tháng 8 năm 1948 và học tại đây hai năm. Chủng sinhNguyễn Văn Diệp được giám mục giáo phận cho đi du học Roma tại Học viện Giáo hoàng Urbano trong vòng bốn năm từ năm 1951 đến 1955.[7]